Como o virus da froita rugosa do tomate marrón infecta plantas de tomate e pementa en todo o mundo, as empresas de sementes están a traballar na creación dun tomate resistente.
Os criadores de tomates tiñan ricos recursos xenéticos e xenómicos antes do inicio dos proxectos de secuenciación xenómica do tomate. Hai moito tempo que se establecen grandes coleccións de xermoplasma de tomate en varios lugares. Consérvanse máis de 75,000 accesos de tomate en bancos de xenes de todo o mundo. Un dos máis grandes é o banco de xenes USDA en Geneva, NY.
A secuenciación do xenoma do tomate iniciouse en 2005 como un esforzo multinacional entre 14 países e completouse en 2012. Estes esforzos aceleráronse moito coa aplicación de intelixencia artificial, aprendizaxe automática e algoritmos avanzados para analizar grandes cantidades de datos xenéticos e fenotípicos.
Pan-Xenoma do tomate
Os investigadores do Boyce Thompson Institute crearon en 2020 un xenoma de referencia de alta calidade para tomates silvestres para producir un pan-xenoma de tomate máis completo e útil. Descubriron seccións do xenoma que subxacen ao sabor, tamaño e maduración das froitas, a tolerancia ao estrés e a resistencia ás enfermidades. Grazas en parte ás tecnoloxías de secuenciación de vangarda que poden ler pezas moi longas de ADN, o xenoma de referencia é máis completo e preciso que a base de datos existente.
As tecnoloxías de secuenciación máis antigas que len anacos máis curtos de ADN identifican mutacións a nivel dunha única base. Non obstante, non son bos para atopar variantes estruturais como insercións, delecións, inversións ou duplicacións de grandes anacos de ADN.
En 2019, un grupo internacional de investigadores construíu un panxenoma de tomate utilizando secuencias xenómicas de 725 variedades filoxenética e xeográficamente representativas. Esta base de datos inclúe 4,873 xenes que non se atopan no xenoma de referencia orixinal. As análises de variación presente/ausente revelaron unha perda substancial de xenes e unha intensa selección negativa de xenes e promotores durante a domesticación e mellora do tomate.
Le o artigo completo en www.seedworld.com.